فجر عدد من المعماريين والباحثين المهتمين بالتاريخ الإسلامي مفاجأة في ترميم ضريح السيدة نفيسة، فقد زعموا أن الضريح تم تشويهه، وأيضًا أزيل التاريخ المعماري للضريح الذي كان يعبر عن حقبة تاريخية شهدتها مصر “الحقبة العثمانية”.
مفاجآت في ضريح السيدة نفيسة:
وعن ضريح السيدة زينب، زعم بعض المهتمين بالتاريخ والتراث الإسلامي اختفاء الباب الأثري المصفح بالفضة للضريح، وتغطية الحوائط الاثرية ومنها عقد حجري يرجع للعصر المملوكي داخل الضريح وطمس اسم الخديوي عباس حلمي الثاني الذي كان موجود خلف داخل رنك خاص به خلف المقصورة، كما زعموا إزالة اسم الرئيس الراحل أنور السادات داخل احد حوائط المسجد القديم الذي تم بنائه على يد الخديو عباس حلمي الثاني وترميمها في عهد الرئيس السادات.
بداية المفاجأة المزعومة عن ضريح السيدة نفيسة فجرتها المعمارية المتخصصة في الفن الإسلامي أمنية عبد البر حيث قالت: “اليوم أنا في حالة صدمة! هذا هو ضريح السيدة نفيسة في القاهرة قبل وبعد. هناك تغيير وتشويه كليًا بحجة “إعادة” واحدة من أعز الأماكن في مصر وتبجيلها.”
وردت الإعلامية لميس الحديدي قائلة: “ما كتبته المعمارية المتخصصة فى الفن الإسلامى أمنية عبد البر عما حدث لضريح السيدة نفيسة يحتاج لإجابة سريعة من المختصين. أمنية تقول إنه تم تشويه الضريح وتغيير ملامحه تحت مسمى “الترميم”! فماذا حدث لواحد من أكثر الأماكن المقربة لقلوب المصريين؟”
وتابعت لميس الحديدي حديثها عن ضريح السيدة نفيسة فتساءلت “ماذا حدث؟ وما تأثير البهرة علي مسار الترميم؟ ماذا سيحدث لمساجد آل البيت.. من يشرف علي التجديد؟ لا بد من إجابات.”وهنا رد الباحث المهتم بالتاريخ الإسلامي عاصم شكري قائلًا: “ده الجزء الأول من زيارتي لمسجد السيدة نفيسة بعد افتتاحه بعد الترميم والحقيقة كل حاجة شكلها حلو من برة بس، لكن تم محو الأثر نفسه من قِبل البهرة واللي بالمناسبة بيجهزوا المقصورة دي من أربع سنين هجرية”
اختفاء الباب الأثري وإزالة اسم السادات من الضريح:
وذكر عاصم شكر في وجهة نظره التي ادعي أنه يدعمها من خلال بعض النقاط التوضيحية، فقال في نقاطه: 
1- اختفاء الباب الأثري المصفح بالفضة للضريح ومحدش عارف هو فين.
2- تغطية الحوائط الأثرية ومنها عقد حجري يرجع للعصر المملوكي داخل الضريح وطمس اسم الخديو عباس حلمي الثاني الذي كان موجود خلف داخل رنك خاص به خلف المقصورة اعلى الحائط.
3- إزالة اسم الرئيس السادات داخل أحد حوائط المسجد القديم الذي تم بناؤه على يد الخديو عباس حلمي الثاني وترميمها في عهد الرئيس السادات والصورة موجودة داخل المنشور وتحتها شرح.
4- تغطية الشبابيك الجصية التي تم عملها على يد لجنة حفظ الآثار العربية بالرخام الحديث القبيح.
واختتم عاصم شكري ادعائه قائلًا: “الحقيقة المنظر يوجع القلب أوي… هناك والله ولسه مسجد السيدة زينب والسيدة عائشة ومسجد سيدي علي زين العابدين والزاوية العثمانية الخاصة بسيدي محمد الأنور عم السيدة نفيسة والبقية تأتي.”
وتابع عاصم شكري قائلًا: “اسم سلطان البهرة وتاريخ صنع المقصورة من أربع سنين هجرية وبالمناسبة المقصورة القديمة تم تركيبها على ضريح الشيخ احمد بن عطاء الله السكندري وتم محو اسم السيدة نفيسة من عليها…”
كسر زخارف ورخام ضريح السيدة نفيسة
أما أحد الباحثين المهتمين بالتاريخ الإسلامي محمود مرزوق فقال: “مقامات آل البيت في مصر كلها أعيد بنائها وتصميمها في عهد أسرة محمد علي وتحديدا الخديو اسماعيل ونجله توفيق ومن بعده الخديو عباس حلمي التاني”.
وقال محمود مرزوق “التصميم الداخلي للمقامات دي مستوحى من عمارة القاهرة المملوكية والعثمانية والفاطمية والتصاميم جزء من عملية إعادة إحياء الطرز الإسلامية من خلال الطراز الإسلامي المستحدث”.
وعن ضريح السيدة نفيسة بعد الترميم قال محمود مرزوق “تخيلوا إننا كسرنا زخارف ورخام عمرهم أكتر من قرن وعملنا تصميم جديد لا يمت بصلة لتراثنا المعماري في القاهرة، ليه أهدم الطراز الأصيل لصالح شيء دخيل على هويتنا المعمارية! التصميم الجديد صاخب وغير ملائم لروحانية وبساطة المكان بالمرة، وكذلك الاضاءة قوية جدا بشكل زايد عن اللزوم، وفي النهاية مهم نعرف الرخام بتاع المقام راح فين وكذلك تركيبة المقام.”
